Il est originaire d'Ame, village caché du Pays de la Pluie. Il possède une grande connaissance du monde des ninjas, et fait montre d'idées bien arrêtées en matiere de politique, d'économie et d'histoire.Durant son enfance, Pein (qui s'appelait à l'époque Nagato (長門)) avait de long cheveux noirs dont les mèches couvraient les yeux. Tout comme Yahiko et Konan, il est devenu orphelin au cours d'une guerre que faisait le pays de la Pluie, et tous les trois durent vivre seuls. Ils ont rencontré Jiraya qui était en mission à Ame et celui-ci est resté avec eux pour leur apprendre le ninjutsu. Peu après cette rencontre, Yahiko fut attaqué par un ninja d'Iwa, et c'est en allant le défendre que Pein éveilla son Rinnegan, le plus puissant des dôjutsu (le seul à l'avoir possédé jusque là était le précurseur de tout shinobis, le Sage des 6 chemins, créateur du monde ninja.
Pein a le respect de tous les membres de l'Akatsuki à l'exception singulière de Hidan. Selon les aveux de Konan qui travaille avec lui il n'a jamais connu la défaite. A l'exception de celle-ci et de Tobi, aucun des membres de l'organisation ne l'a réellement vu.
Au Pays de la Pluie, Pein est considéré comme un dieu par ses alliés, il semble cependant que personne là-bas n'aie jamais vu son visage. Il est dit qu'il possède le sang du clan Fûma.
Il est également l'assasin du très puissant Hanzou, l'ancien chef d'Ame, qui rivalisait contre les trois sannin.
Il est extrêmement puissant, faisant tomber Ame à lui tout seul. Il semble également doté d'une grande cruauté, faisant assassiner tout l'entourage de Hanzou (bébés compris) et même ses clients. Pein tue également ceux qui menacent ses idéaux. C'est donc un homme à la fois très puissant et très cruel à l'opposé de son caractère lorsqu'il était enfant.
Il rencontre à nouveau Jiraya dans le chapitre 373, mais cette fois pour l'affronter en temps qu'adversaire.
Il nous dévoile son véritable objectif : créer un ultime kinjutsu avec les bijuus, capable de détruire un pays d'un seul coup (une sorte de bombe atomique). Selon lui, l'unique moyen pour supprimer les conflits dans le monde est que ses habitants passent d'abord par un état de terreur et de souffrance, ce qui leur apprendrait ensuite à se contrôler et à faire évoluer leur mentalité. Seule cette souffrance peut amener le monde à grandir.
Pein est le premier personnage de Naruto à user de télépathie, notamment dans le but de rassembler les membres de l'Akatsuki. Il semble qu'ils aient un jutsu commun leur permettant d'apparaître sous la forme d'ombres dans leur repaire. Pein peut également invoquer le réceptacle géant pour les démons à queues. Il connaît aussi le moyen de les sceller dans ce même réceptacle. Il peut étrangement invoquer plusieurs animaux différents: pour l'instant, on sait qu'il peut appeler soit une langouste, soit des chimères polymorphes extrêmement puissantes.Selon Jiraya il a aussi maîtrisé les 6 types de manipulation de chakra à 10 ans grâce à son rinnegan ce qui n'a jamais été fait auparavant. Mais sa technique la plus notable consiste à se servir d'un corps et, grâce au chakra d'un allié, de créer un clone particulièrement réaliste de l'allié et lui permettant d'utiliser ses jutsu sans problème, si ce n'est l'impossibilité d'avoir recours aux techniques héréditaires. Naruto, Sakura, Kakashi, Chiyo, Neji, Lee, Tenten et Gaï ont affaire à cette technique dans le tome 29.
Pein peut aussi contrôler la pluie. Quand il pleut il peut repérer une personne (Il repère ainsi Jiraya). Il semblerait qu'il soit capable d'apprendre instantanément tous les types de jutsus grâce à son Rinnegan (de la même manière que le Sharingan). Mais ce qui rend le Rinnegan encore plus puissant que le Sharingan est qu'il permet à son possesseur d'utiliser des invocations multiples et surpuissantes d'animaux géants (cf chap 375). D'après Jiraiya, Pein maitriserait les 6 éléments. Or il possède 6 corps. Cela laisserait supposer que chacun de ses corps peut manier parfaitement un type de manipulation de chakra (invocation pour celui qui se bat contre Jiraya, incantation pour le corps qu'il utilise en général). Il semblerait aussi que les corps invoqués par Pain partage son Rinnegan et sa vision. Par conséquent, il serait capable de voir des différents angles vus par chacun des
Pein est le premier personnage de Naruto à user de télépathie, notamment dans le but de rassembler les membres de l'Akatsuki. Il semble qu'ils aient un jutsu commun leur permettant d'apparaître sous la forme d'ombres dans leur repaire. Pein peut également invoquer le réceptacle géant pour les démons à queues. Il connaît aussi le moyen de les sceller dans ce même réceptacle. Il peut étrangement invoquer plusieurs animaux différents: pour l'instant, on sait qu'il peut appeler soit une langouste, soit des chimères polymorphes extrêmement puissantes.Selon Jiraya il a aussi maîtrisé les 6 types de manipulation de chakra à 10 ans grâce à son rinnegan ce qui n'a jamais été fait auparavant. Mais sa technique la plus notable consiste à se servir d'un corps et, grâce au chakra d'un allié, de créer un clone particulièrement réaliste de l'allié et lui permettant d'utiliser ses jutsu sans problème, si ce n'est l'impossibilité d'avoir recours aux techniques héréditaires. Naruto, Sakura, Kakashi, Chiyo, Neji, Lee, Tenten et Gaï ont affaire à cette technique dans le tome 29.
Techniques
[b]Rinnegan : le plus puissant des dôjutsus: nous savons déjà qu'il permet d'utiliser toutes les affinités et d'utiliser la télépathie sur l'adversaire comme pour se connecter mentalement à un allié.
Kushiyose no justu (technique d'invocation) : il invoque soit une langouste géante soit une chimère-caméléon soit une statue pour le rituel d'extraction des bijuus soit des hommes dotés du rinnegan. Le caméléon possède une faculté de camouflage et peut se transformer en tout type de créature pour toutes les situations: un cerbère se divisant en plusieurs chiens, un oiseau au bec effilé, un taureau géant... Pein peut également se cacher dans la bouche de cette créature.